Главным следственным управлением СК России предъявлено обвинение в растрате в особо крупном размере (ч. 4 ст. 160 УК РФ) бывшему руководителю «Роснанотех» Леониду Меламеду и финансовому директору этой организации Святославу Понурову. На данном этапе следствию удалось установить роль каждого из обвиняемых, а также их соучастников в совершении преступления.
По версии следствия, подготавливая условия для хищения средств «Роснанотех», Меламед принял на работу в корпорацию подконтрольных ему Малышева и Понурова. Затем Меладмед инициировал вопрос о привлечении фирмы-советника для оказания корпорации «Роснанотех» услуг, необходимости в которых не было. В 2008 году Понуров, как председатель тендерного комитета, будучи в сговоре с Меламедом, обеспечил победу в конкурсе по отбору советника фирме «Алемар», после чего разработал проект договора об оказании услуг, который в свою очередь подписал Малышев. В дальнейшем все акты приемки оказанных этой фирмой услуг согласовывались Понуровым и утверждались Малышевым. После этого Понуров подписывал предъявляемые счета к оплате. Таким образом, в период с февраля по июль 2009 года необоснованно были израсходованы средства корпорации на общую сумму более 220 миллионов рублей.
В действительности же «Алемар» не выполнил заявленные в договоре работы, с нарушением сроков представил переоформленные инвестиционные проекты, разработанные сотрудниками корпорации. Причем продукция этой фирмы не использовалась сотрудниками «Роснанотех», что полностью подтверждается материалами уголовного дела. Кроме того, по делу проведены обыски по месту проживания фигурантов и иных лиц, проверяемых на причастность к совершению преступления. В ходе них изъяты электронные документы, которые направлены на экспертизы.
Для получения информации о выводе похищенных средств за границу, а также о возможном совершении других преступлений фигурантами дела следствием осуществляется тесное взаимодействие с Росфинмониторингом и Интерполом. Кроме того, после публикации сообщений о расследовании этого уголовного дела к нам обратились свидетели, заявляющие о совершении обвиняемыми также иных преступлений. Эти обращения в настоящее время проверяются следственным путем.